Paniagua se licenció en Bioquímica en la Universidad Complutense de Madrid y se diplomó en Tecnología Superior del Petróleo y en Humanidades Contemporáneas por la Universidad Autónoma de Madrid. Además, era profesor de artes marciales y se especializó en la enseñanza del tai chi.
Su faceta como escritor fue prolífica dentro del ensayo y la novela y fue en el año 1980 cuando publicó su primer libro, Equilibro Cuerpo-Mente, a los que siguieron Telarañas, Amazonas y guerreros y Sobrevivir en el siglo XXI.
Más recientemente completó la publicación de una trilogía de novelas, La Casa de los Cristales, ambientada en lugares de Valdepeñas y formada por La Casa de los Cristales, Allende los Mares y La mariposa blanca. Los tres estaban ambientados en el siglo XIX, tal y como él mismo contó a advaldepeñas en una entrevista en el año 2013: "El hilo conductor es el mismo, que es el decorado del siglo XIX pero a mí lo que me importa no son los decorados, sino los personajes. En la medida que el decorado influya en los personajes, ésto se refleja a lo largo de la novela", señalaba entonces.
Su última novela, autobiográfica y ambientada en la Venta de Cárdenas y Despeñaperros, fue publicada este mismo año bajo el título Flor de Umbría.
Además, José Luis Paniagua también tuvo sus incursiones en el mundo de la política local, primero como candidato de la Plataforma Cívica Seis de Junio en 1995 y después del partido Movimiento Europeísta Reional. Igualmente, creó la Fundación Civis y fue profesor de masters universitarios.
